Los biomas acuáticos pueden ser marinos (agua salada) o dulceacuícolas. Los biomas marinos son basicamente dos: el oceánico y el lítoral, caracterizados por la diferente profundidad que alcanzan las aguas y por la distancia de la costa.

La zona lítoral se caracteriza por la luminosidad de sus aguas, escasa profundidad y abundancia de nutrientes. Se considera litoral la zona sometida a las fluctuaciones de las mareas, es decir, la comprendida entre los niveles que alcanzan la pleamar y la bajamar. En este bioma, las condiciones ambientales son extremas y muy cambiantes. Los organismo litorales deben soportar la presión del oleaje, la diferente salinidad según la situación de la marea, los aportes de sedimentos que realizan los ríos y, por último, la acción deshidratante que ejercen el sol y el viento durante la bajamar.Por todo ello, han desarrollado adaptaciones muy diversas y el litoral es el bioma marino donde se encuentra la mayor variedad de formas de vida. Más que una frontera entre dos mundos es una clave ecológica importantisima para las cadenas tróficas, tanto terrestres como marinas. Algunos litorales son playa arenosas que se han formado por el depósito continuado de las corrientes marinas o el oleaje. Si existen vientos dominantes en la costa, se forman dunas, las cuales realizan un importante papel en el litoral: debido a la permeabilidad de sus materiales forman acuíferos, protegen las zonas interiores de los fuertes vientos costeros y constituyen el hábitat de una gran variedad de organismos vegetales y animales. Las marismas y estuarios son las zonas del litoral donde entran en contacto las aguas continentales y las marinas. Su salinidad es variable, se denominan aguas salobres, su concentración en nutrientes es muy elevada, por lo que son el bioma marino con mayor producción biológica. Debido a esta riqueza, han sido tradicionalmente objeto de explotación por el hombre mediante el marisqueo, la pesca, la obtención de sal y la acuicultura. La alteración de marismas y estuarios provoca un impacto ambiental en todo el ecosistema costero.En ella se concentran algas, moluscos, planctón y arrecifes de coral. Tortugas focas y peces óseos son comunes aquí. La temperatura del agua depende más de la temperatura del aire.

La zona oceánica se caracteriza por tener una banda iluminada pero también grandes profundidades sin luz. Es la más alejada de la costa y se denomina también mar abierto. Es una región bien iluminada hasta los 80 ó 100 metros de profundidad (zona fótica), dependiendo de la transparencia de las aguas, pero a partir de los 200 metros, y hasta las grandes profundidades de las fosas abisales, la oscuridad es total (zona afótica). El fitoplancton y el zooplancton son muy abundantes en las aguas superficiales, y es también muy característico un camarón de pequeño tamaño, el krill, que es el componente principal en la dieta de las ballenas y de otros consumidores. En estas regiones los seres acuáticos se han adaptado a vivir sin ella y a estar sometidos a grandes presiones. Los biomas dulceacuícolas son básicamente dos: las aguas estancadas de lagos y lagunas; y las aguas corrientes de ríos y arroyos.